Le plancton, constitu\u00e9 du phyto- du zoo- et du bacterio\/virioplancton, est \u00e0 la base de la cha\u00eene trophique de beaucoup d’\u00e9cosyst\u00e8mes marins. Le phytoplancton, repr\u00e9sent\u00e9 par les organismes photoautotrophes du plancton, est le producteur primaire principal des oc\u00e9ans. Le zooplancton, constitu\u00e9 d’organismes h\u00e9t\u00e9rotrophes, a lui, un r\u00f4le de charni\u00e8re dans les \u00e9cosyst\u00e8mes aquatiques. Le zooplancton transf\u00e8re l’\u00e9nergie et la mati\u00e8re synth\u00e9tis\u00e9e par le phytoplancton vers les niveaux trophiques sup\u00e9rieurs dans la cha\u00eene alimentaire. De nombreux organismes planctoniques jouent, en r\u00e9alit\u00e9, simultan\u00e9ment plusieurs r\u00f4les dans la cha\u00eene trophique: ils sont mixotrophes.<\/p>\n
Tant le zooplancton que le phytoplancton sont de bons indicateurs de changements globaux. En effet, ils r\u00e9pondent \u00e0 des modifications du milieu tr\u00e8s rapidement par des variations d’abondance et\/ou de composition sp\u00e9cifique et de biomasse. De plus, le phytoplancton est capable de former des blooms (multiplication rapide et exponentielle) parfois toxiques qui par anoxie du milieu la nuit, ou par synth\u00e8se de toxines peut avoir un impact n\u00e9gatif sur l’ensemble de l’\u00e9cosyst\u00e8me. Pour toutes ces raisons, ces communaut\u00e9s tr\u00e8s dynamiques sont abondamment \u00e9tudi\u00e9es et fournissent des informations pr\u00e9cieuses sur le fonctionnement des oc\u00e9ans.<\/p>\n
Actuellement, les organismes qui composent le plancton sont encore fr\u00e9quemment mesur\u00e9s et compt\u00e9s manuellement sous microscope par des taxonomistes sp\u00e9cialis\u00e9s. L’analyse compl\u00e8te d’un \u00e9chantillon peut durer de 1 \u00e0 3 jours en fonction du d\u00e9tail taxonomique souhait\u00e9 et limite d\u00e8s lors le nombre d’\u00e9chantillons pouvant \u00eatre analys\u00e9s dans un d\u00e9lais raisonnable. Cette m\u00e9thode manuelle n’est donc pas adapt\u00e9e \u00e0 une r\u00e9solution spatiale et temporelle \u00e9lev\u00e9e, seule \u00e0 m\u00eame de mettre en \u00e9vidence les variations planctoniques dans ces communaut\u00e9 tr\u00e8s dynamiques, distribu\u00e9es en patchs.<\/p>\n
Depuis les ann\u00e9es 1980, l’analyse d’image coupl\u00e9e \u00e0 la classification supervis\u00e9e est utilis\u00e9e pour automatiser (au moins partiellement) et acc\u00e9l\u00e9rer le traitement des \u00e9chantillons. Au d\u00e9part d’images de plancton, diff\u00e9rents param\u00e8tres sont mesur\u00e9s et utilis\u00e9s par des m\u00e9thodes de classification supervis\u00e9e pour d\u00e9terminer de mani\u00e8re automatique le groupe taxonomique de chaque particule imag\u00e9e.<\/p>\n
Au laboratoire d’\u00c9cologie num\u00e9rique, nous d\u00e9veloppons un logiciel appel\u00e9 Zoo\/PhytoImage destin\u00e9 \u00e0 l’\u00e9laboration de s\u00e9ries spatio-temporelles de plancton en automatisant les processus de traitement des \u00e9chantillons. Ce logiciel open source permet d’analyser diverses sortes d’images num\u00e9riques de plancton, et de mesurer, d\u00e9nombrer et classer les diff\u00e9rents organismes planctoniques fix\u00e9s \u00ab\u00a0num\u00e9riquement\u00a0\u00bb sur ces images. Il calcule, ensuite, des variables d’importance \u00e9cologique comme les abondances, les biomasses et les spectres de taille par groupe taxonomique ou pour l’ensemble de l’\u00e9chantillon.<\/p>\n
Nos publications scientifiques relatives \u00e0 ce th\u00e8me de recherche sont r\u00e9f\u00e9renc\u00e9es dans la base de donn\u00e9es institutionnelle DI-Fusion UMONS.<\/p>\n
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