L’impact du metal sur la composition et la fonctionnalité d’une communauté microbienne

Description

Le projet vise à comprendre l’impact du metal sur la composition et la fonctionnalité d’une communauté microbienne ainsi que sur la dispertion d’éléments génétique mobiles au sein de cette communauté portant ou non, un facteur sélectif de resistance aux métaux et son expression. Pour cela, un consortia bacteria de cinq espèces est utilisé dont les membres ont été choisis pour leur forte occurrence au sein d’un site connu fortment contaminé aux métaux. Ils représentnt les genre bacteriens majoritaires hétérotrophes et aérobiques de sédiments de rivières contamininés par l’industrie MetalEurop (NoyellesGodaut, Nord de la France). Parmis eux, Pseudomonas putida KT2440::Plpp mCherrry est utilisée comme donneur portant un plasmide à large spectre d’hôte de type pKJK5, à savoir, pKJK5-gfpmut3-KmR -TcR ou pKJK5-gfpmut3-Km-pbrTRABCD-TcR. Ce système permet la détection et le comptage des bactéries donneuses et transconjugantes au sein de la communauté par microscopie confocalou cytométrie de flux. La dynamiqe de la communauté synthétique pourra ansi être suivie par PCR quantitative, cytométrie de flux, MRM et metaprotéomique pour controller respectivement la plasticité, le tux de conjugaison et les traits fonctionnels de la comunauté synthétique microbienne sous un stress métallique, en culture liquide ou en biofilm.